GenOptics

Πλατφόρμα οπτικής αναλυτικής σε ετερογενή βιοδεδομένα μεγάλης κλίμακας

Μια από τις αναδυόμενες προκλήσεις στις Επιστήμες Ζωής είναι η πολυπλοκότητα και το μέγεθος των βιοδεδομένων, καθώς και η έλλειψη κατάλληλων εργαλείων για την ανάλυσή τους με στόχο τη βελτίωση της παραγόμενης γνώσης. Η οπτική αναλυτική (visual analytics), δηλαδή η ταυτόχρονη χρήση υπολογιστικών εργαλείων ανάλυσης δεδομένων με τη διαδραστική οπτικοποίησή τους, είναι ένας ισχυρός τρόπος συνδυασμού αλγορίθμων με διαισθητικό περιβάλλον αλληλεπίδρασης, φιλικό προς το χρήστη, με στόχο την εξαγωγή γνώσης από μεγάλα σύνολα βιολογικών δεδομένων. Το GenOptics θα επιτρέψει την οπτική αναλυτική διαφορετικών «ομικών» δεδομένων μέσω ενός αρθρωτού συστήματος πολλαπλών διαλειτουργικών εργαλείων, τα οποία θα ενσωματωθούν σε μια υπολογιστική πλατφόρμα που θα στηρίζεται σε εδραιωμένες διεθνείς προσπάθειες π.χ. Docker και R/BioConductor. 

Στόχος 1: Ενσωμάτωση σε μια ενιαία διαδικασία τόσο της υπολογιστικής ανάλυσης δεδομένων όσο και της ευέλικτης οπτικοποίησής τους, μέσω της χρήσης ενός διαδραστικού περιβάλλοντος (dashboard) οπτικής αναλυτικής (visual analytics dashboards).  

Στόχος 2: Καλύτερη εκμετάλλευση του συσσωρευόμενου όγκου διαφορετικών «ομικών» βιοδεδομένων επιτρέποντας τον προσδιορισμό νέων βιοδεικτών και νέων θεραπευτικών στόχων μέσω στοχευμένων κλινικοβιολογικών μελετών.  

Το GenOptics θα μειώσει αποτελεσματικά τόσο το χρόνο όσο και το τελικό κόστος για την εξαγωγή συμπερασμάτων στην κλινική έρευνα και στη διάγνωση. Επιπλέον, μέσω της ενοποίησης διαφορετικών «ομικών» βιοδεδομένων με κλινικές πληροφορίες, το έργο προσφέρει απαντήσεις σε καίρια ερωτήματα όπως η αξιόπιστη προγνωστική ταξινόμηση των ασθενών με βάση την αναγνώριση μοτίβων και η ανάδειξη νέων προγνωστικών δεικτών. Τέλος, η αυστηρή αξιολόγηση της λειτουργικότητας και των αποτελεσμάτων της πλατφόρμας GenOptics με βάση τα τέσσερα πιλοτικά σενάρια θα ανοίξει το δρόμο για τη συστηματική προώθησή της ως μια αξιόπιστη και διαπιστευμένη εμπορική λύση. 

 

Tο έργο έχει λάβει χρηματοδότηση από το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα, Καινοτομία» - ΕΠΑνΕΚ κίνηση (2014-2020)